Expertises

Les activités du plateau reposent sur différentes compétences pour fournir un service clé en main de l'échantillon d'ARN jusqu'au rapport d'analyse : 

• La biologie moléculaire
• La bio-informatique
• Les statistiques

• Aide au montage du projet en interaction avec le collaborateur (technologie, design expérimental, planification, …).
• Réalisation technique et production de données microarrays Agilent et RNAseq.
• Lien étroit avec les plateformes partenaires pour le séquençage.
• Analyse bio-informatique et statistique adaptée aux données microarrays et RNAseq :
  • Prétraitement des données de microarray et RNA-seq (contrôles qualités, filtres, normalisation)
  • Pipelines open-source, versionnés, reproductibles, performants
  • Alignement des lectures de séquençage sur le génome de référence
  • Génération des tables d'abondance des transcrits
  • Normalisation
  • Analyse différentielle permettant de rechercher des gènes différentiellement exprimés entre conditions biologiques
  • Analyse fonctionnelle sur les listes de gènes identifiés (classification et analyse d'enrichissement de catégories fonctionnelles GO/voies KEGG)
  • Analyse multivariée
  • Intégration des données
• Rapport d’analyse
  • Matériels et méthodes
  • Données brutes, normalisées, tables de résultats d’analyse statistique
  • Aide à la soumission des données dans les entrepôts publics (NCBI) : template pré-remplie
  • Données chargées dans l’application Matrix pour exploration par les biologistes
• Aide à la valorisation (rédaction / relecture d’articles scientifiques)

Fonctionnement

3 façons de travailler avec nous :

1. Mise à disposition d'équipements et d'outils après formation
2. Service de prestation "clé en main"
3. Développement de nouvelles applications en collaboration ou partenariat

Services

Mise à disposition d'équipement et d'outils :

• Formation à l’utilisation de l’automate de distribution pour préparation des plaques en 384 puits
• Formation à l’utilisation du système de PCR (Polymerase Chain Réaction) en temps réel QuantStudio 5
• Formation à l’utilisation de la TapeStation 4200
• Formation à l’utilisation du DropSense 96
• Formation à l’utilisation du Nanodrop
• Application web MATRIX pour explorer les résultats d’analyses transcriptomiques https://matrix.toulouse.inrae.fr

Contrôle qualité des échantillons :

• Qualité des acides nucléiques TapeStation 4200
• Concentration des acides nucléiques par spectrophotomètre DropSense 96 ou Nanodrop

Analyse d'expression transcriptionnelle de gènes cibles avec a priori :

• Automate de pipetage et distribution avec une quarantaine de programmes définis en plaques 384 puits
• Design à façon de programmes de distribution
• Système de PCR (Polymerase Chain Réaction) en temps réel QuantStudio 5 et logiciel d'analyse

Analyse globale du transcriptome sans a priori :

• Puces d’expression génique par Microarray (Agilent)
• Préparation des librairies pour un séquençage orienté des ARN polyadénylés : mRNAseq (Illumina)
• Préparation des librairies pour un séquençage orienté rationalisé des ARN polyadénylés : 3’ mRNA-Seq (Lexogen)
• Préparation des librairies pour un séquençage orienté des ARN non polyadénylés (ribo-déplétion) : Total RNAseq (Illumina, Takara)
• Préparation des librairies pour un séquençage des petits ARN non codants : miRNA, siRNA … : SmallRNAseq (Revvity)

Recherche et Développement

• Automatisation des protocoles et des purifications
• Miniaturisation de la préparation de librariries RNAseq
• Séquençage rationalisé des queues 3’ des transcrits (gain en cout, ↘ masse de données, ↗ nombre d’individus, performant sur sang total)
• Protocoles personnalisables en fonction de besoins spécifiques